Болонський процес розвивається через міжурядові міжнародні Конференції, що відбуваються кожні два роки у різних країнах. Такі конференції відбулися в Болоньї (1999), у Празі (2001), у Берліні (2003), у Бергені (2005) та у Лондоні (2007).
Основний документ, який підписують на кожній з міжурядових міжнародних Конференціях усі країни, що приєдналися Болонського процесу, має назву комюніке. Цей документ резюмує стратегічні напрямки реформи, основні досягнення за останні два роки, і містить у собі певний набір рекомендацій на майбутнє. Так, окрім Болонської декларації (1999), Празьке комюніке (2001), Берлінське комюніке (2003), Бергенське комюніке (2005) і Лондонське комюніке (2007) є основними офіційними документами Болонської реформи. Наступне, Люванське комінюке буде опубліковано у 2009 році.  

  Болонський процес поступово набув організаційної структури. Згідно з Празьким комюніке (2001), Болонський процес вимагає постійного нагляду, який реалізує Група нагляду за Болонським процесом (BFUG, Bologna Follow-Up Group). До неї входять представники усіх країн, які приєдналися до Болонського процесу під час Болонської декларації, і також ті, що приєдналися пізніше. Також, до «групи нагляду» входить представники Європейської Комісії і країни, яка головує в ЕС. Підготовча група (Preparatory Group) складається із представників країн, які вже проводили міжурядові міжнародні конференції з Болонського процесу, і представників країн, які збираються проводити таку конференцію. Також, до підготовчої групи входять 2 представники країн ЄС, і 2 представника країн, які не входять в ЄС. Ця 4 представника обираються «групою постійного нагляду». Країна, яка головує в ЄС і представники Європейської Комісії також входять в підготовчу групу. 

Болонський секретаріат – це тимчасове організаційне утворення, яке створюється для підготовки міжнародних міністерських Конференцій кожні два роки. Так, у 2001-2003 перший секретаріат розташовувався у Німеччині і готував Берлінську Конференцію, у 2003-2005 другий секретаріат розташовувався у Норвегії і готував Бергенську Конференцію. Третій секретаріат перебував у Великобританії і готував Лондонську Конференцію. Нарешті, секретаріат, що діє сьогодні, підтримують країни Бенелюксу (Бельгія, Нідерланди, Люксембург) і він діятиме до наступної Конференції в Льован-ля-Ньов.

Консультативні члени Болонської реформи

- EUA European University Association–Європейська університетська асоціація  

Європейська університетська асоціація представляє і підтримує заклади вищої освіти у 46 країнах, уможливлюючи співпрацю і обмін думками між різними інституціями. Важливою складовою діяльності Європейської університетської асоціації є інформування про найновіші тенденції у вищій освіті. 
Завдяки детальному знанню сектора і багатоманітності учасників, Асоціація стала важливим актором в процесі створення Європейського простору вищої освіти. Асоціація бере активну участь у Болонському процесі: з 1999 року, вона готує документ під назвою Тенденції, до кожної Болонської конференції. Офіс  асоціації знаходить в Брюсселі.
Сайт Асоціації: http://www.eua.be/